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Das CEES wird von Prof. Dr. Jeronim Perović geleitet. Die CEES-Koordinatorin ist Dr. Dunja Krempin. Das CEES ist an das Historische Seminar der Universität Zürich angebunden. Dem Zentrum steht ein international zusammengesetzter Fachrat zur Seite.
Das CEES bietet allen an Osteuropa interessierten Lehrstühlen und Forschenden an der Universität Zürich die Möglichkeit für Kooperation und Vernetzung an. Nebst der internen Vernetzung können sich auch Lehrstühle bzw. Forscherinnen und Forscher ausserhalb der Universität Zürich als assoziierte Institutionen bzw. individuelle Forschende dem Zentrum anschliessen. Bereits haben sich zahlreiche Personen und Institutionen in der Schweiz und im Ausland dem CEES-Netzwerk angeschlossen.